במסגרת פעולות הפיקוח השגרתיות שמבצע המשרד להגנת הסביבה, התגלו ליקויים חמורים במפעל גן שמואל מזון שבמועצה האזורית מנשה, המחזיק חומרים מסוכנים וכמות גדולה של גז אמוניה. הליקויים טופלו, אך בשל חומרת ההפרות הטיל יצחק בן דוד, סמנכ"ל בכיר לפיקוח ואכיפה במשרד להגנת הסביבה, עיצום כספי בסך 3,232,980 שקל. זאת, בגין מספר הפרות של תנאים בהיתר הרעלים שהיה תקף באותה העת. חברת גן שמואל היא ציבורית, ובבעלותה מפעל גדול בכניסה לקיבוץ גן שמואל, אשר מייצר בסיסי משקאות, תרכיזים, סירופים ומיצי פירות ומוחזקים בו חומרים מסוכנים וכמות גדולה של גז אמוניה (מעל 4 טון).במהלך פעולות הפיקוח השגרתיות של מחוז חיפה של המשרד להגנת הסביבה במפעל, התגלו ליקויים חמורים ובהם כי החברה לא יישמה את המלצות דוח מהנדס מערכות הקירור, המתייחסות לתחזוקה שוטפת של מערכות אמוניה; החברה לא התקינה את כל גלאי האמוניה הנדרשים על פי היתר הרעלים; לא הכינה נוהל לריקון יזום של אמוניה ממערכת הקירור עקב תקלה, שיפוץ או הרחבה; לא החזיקה אמצעי גיבוי למערכת הבקרה וההתראה על דליפת אמוניה; לא אחסנה רעלים במקום סגור, וכן לא ביצעה תרגיל חירום, אשר נועד להבטיח את מוכנות צוות המפעל לטיפול באירוע חומרים מסוכנים, לרבות במקרה של דליפת אמוניה.
בעקבות הפרות חמורות אלה, בכירי המפעל זומנו לשימוע שקיים מנהל מחוז חיפה של המשרד להגנת הסביבה, שלמה כץ. בעקבות הליך השימוע, כל ההפרות טופלו ועל כן הוחלט לחדש את היתר הרעלים.
יחד עם זאת, בשל ההפרות החמורות, בחודש ינואר 2019 המשרד להגנת הסביבה הוציא למפעל הודעה על כוונה להטיל עיצום כספי בגין 6 הפרות של תנאי היתר הרעלים. לאחר קבלת ההודעה, ניצלה החברה את זכות הטיעון שנתונה לה ופנתה בבקשה לבטל את העיצום הכספי. לאחר שהמשרד שקל את בקשתה, הוחלט לדחותה ולהטיל עיצום כספי בסכום שהופחת לפי תקנות ההפחתה, מ-5.4 מיליון שקל.
המשרד להגנת הסביבה ימשיך לפעול בכל האמצעים העומדים לרשותו על-מנת לשמור על כך שהמפעלים יעמדו בתקנות היתר הרעלים. המשרד ימשיך לבצע סיורים וסיורי פתע ויאכוף בחומרה כנגד כל הפרה שתימצא.
